diff --git a/test-data/Makefile b/test-data/Makefile
index fa94cdf..c27409a 100644
--- a/test-data/Makefile
+++ b/test-data/Makefile
@@ -191,7 +191,7 @@ test-demultiplexed:
 	--col-reference $(conditions) \
 	--row-reference $(reference) \
 	--demultiplexed \
-	--reads TTGAACCG:../../test-data/demultiplexed/TTGAACCG.construct.fastq,CCGAGTTA:../../test-data/demultiplexed/CCGAGTTA.construct.fastq,TTGAGTAT:../../test-data/demultiplexed/TTGAGTAT.construct.fastq,CCTCCAAT:../../test-data/demultiplexed/CCTCCAAT.construct.fastq,GGTCACCG:../../test-data/demultiplexed/GGTCACCG.construct.fastq,TTGACAAT:../../test-data/demultiplexed/TTGACAAT.construct.fastq,AATCCAAT:../../test-data/demultiplexed/AATCCAAT.construct.fastq,TTCTCATA:../../test-data/demultiplexed/TTCTCATA.construct.fastq,AATCCACG:../../test-data/demultiplexed/AATCCACG.construct.fastq,AATCGTGC:../../test-data/demultiplexed/AATCGTGC.construct.fastq,AAGAACTA:../../test-data/demultiplexed/AAGAACTA.construct.fastq,CCAGTGAT:../../test-data/demultiplexed/CCAGTGAT.construct.fastq,GGTCGTGC:../../test-data/demultiplexed/GGTCGTGC.construct.fastq,TTAGACCG:../../test-data/demultiplexed/TTAGACCG.construct.fastq,GGTCCACG:../../test-data/demultiplexed/GGTCCACG.construct.fastq,CCGAACTA:../../test-data/demultiplexed/CCGAACTA.construct.fastq,AACTCACG:../../test-data/demultiplexed/AACTCACG.construct.fastq,AATCACTA:../../test-data/demultiplexed/AATCACTA.construct.fastq,GGTCCATA:../../test-data/demultiplexed/GGTCCATA.construct.fastq,GGTCTGCG:../../test-data/demultiplexed/GGTCTGCG.construct.fastq,CCAGTGGC:../../test-data/demultiplexed/CCAGTGGC.construct.fastq,AACTTGCG:../../test-data/demultiplexed/AACTTGCG.construct.fastq \
+	--reads TTGAACCG:../../test-data/demultiplexed/TTGAACCG.construct.fastq,CCGAGTTA:../../test-data/demultiplexed/CCGAGTTA.construct.fastq,TTGAGTAT:../../test-data/demultiplexed/TTGAGTAT.construct.fastq,CCTCCAAT:../../test-data/demultiplexed/CCTCCAAT.construct.fastq,GGTCACCG:../../test-data/demultiplexed/GGTCACCG.construct.fastq,TTGACAAT:../../test-data/demultiplexed/TTGACAAT.construct.fastq,AATCCAAT:../../test-data/demultiplexed/AATCCAAT.construct.fastq,TTCTCATA:../../test-data/demultiplexed/TTCTCATA.construct.fastq,AATCCACG:../../test-data/demultiplexed/AATCCACG.construct.fastq,AATCGTGC:../../test-data/demultiplexed/AATCGTGC.construct.fastq,AAGAACTA:../../test-data/demultiplexed/AAGAACTA.construct.fastq,CCAGTGAT:../../test-data/demultiplexed/CCAGTGAT.construct.fastq,GGTCGTGC:../../test-data/demultiplexed/GGTCGTGC.construct.fastq,TTAGACCG:../../test-data/demultiplexed/TTAGACCG.construct.fastq,GGTCCACG:../../test-data/demultiplexed/GGTCCACG.construct.fastq,CCGAACTA:../../test-data/demultiplexed/CCGAACTA.construct.fastq,AACTCACG:../../test-data/demultiplexed/AACTCACG.construct.fastq,AATCACTA:../../test-data/demultiplexed/AATCACTA.construct.fastq,GGTCCATA:../../test-data/demultiplexed/GGTCCATA.construct.fastq,GGTCTGCG:../../test-data/demultiplexed/GGTCTGCG.construct.fastq,CCAGTGGC:../../test-data/demultiplexed/CCAGTGGC.construct.fastq,AACTTGCG:../../test-data/demultiplexed/AACTTGCG.construct.fastq,../../test-data/demultiplexed/unmatched.construct.fastq \
 	--row-barcode-policy PREFIX:CACCG@18)
 	(cd $(wd); diff counts.txt ../../test-data/expected-counts.txt && \
      diff lognormalized-counts.txt ../../test-data/lognormalized-counts.txt && \
diff --git a/test-data/demultiplexed/unmatched.construct.fastq b/test-data/demultiplexed/unmatched.construct.fastq
new file mode 100644
index 0000000..0b7fc82
--- /dev/null
+++ b/test-data/demultiplexed/unmatched.construct.fastq
@@ -0,0 +1,88 @@
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++
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+>:;<+2-965774748666=8*967A3>7,:B9447760<.63<;?227
+@HWUSI-EAS100R:6:23:398:3989#2
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++
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+..55725@594=69;8<3234637<@=98<96:67675?4;;,31?5:6
+@HWUSI-EAS100R:6:23:398:3989#52
+TATGTAAAGGGTAAAAGTGCAGTGCACCGCTATGAAGCTCTCACGGTTA
++
+7;/9076C71:99;.69344;91<58<2>7;/<>1247740;05@/57=