From ffbe4215259cf30eb74fe88768e2604d89090b27 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Cornelius Roemer Date: Tue, 28 May 2024 01:27:08 +0200 Subject: [PATCH] Designate JN.1.51.1 (S:F456L) --- lineage_notes.txt | 3 +- lineages.csv | 316 +++++++++++++++++++++++----------------------- 2 files changed, 160 insertions(+), 159 deletions(-) diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 9a227af6..6b15b76b 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1,4 +1,4 @@ -Lineage Description +Lineage Description A One of the two original haplotypes of the pandemic (A and B). Many sequences originating from China and many global exports; including to South East Asia Japan South Korea Australia the USA and Europe represented in this lineage A.1 USA lineage A.2 Mostly Spanish lineage now includes South and Central American sequences, other European countries and Kazakhstan. @@ -1216,6 +1216,7 @@ JN.1.49.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1, S:R346T JN.1.49.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.2, S:F456L JN.1.50 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50, S:H445P,S:F456L, S:A67V, S:L249F, Europe from #2587 JN.1.51 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.51, C4795T +JN.1.51.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.51.1, S:F456L JN.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2, ORF1a:Y621C, Europe/North America, from #2284 JN.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.1, S:S31F, Sweden/Australia JN.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.2.2, S:T572I, N:G25C, ORF1a:L3644F, Netherlands, from #2433 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 6f2778ad..d877a39c 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2549475,161 +2549475,161 @@ USA/TX-HMH-M-137552/2024,JN.1.51 USA/NY-CDC-QDX90793259/2023,JN.1.51 USA/NY-CDC-QDX90528287/2023,JN.1.51 England/CLIMB-CM7YK9RH/2023,JN.1.51 -USA/FL-CDC-LC1103932/2024,JN.1.51 -Japan/FR004-0004/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291756/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA290610/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA286258/2024,JN.1.51 -USA/WA-GBW-H10-019-6464/2024,JN.1.51 -USA/WA-GBW-GKISBBBB54307/2024,JN.1.51 -Thailand/NIC_BKK_P1816/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA287660/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA286043/2024,JN.1.51 -Japan/FR301-0286/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291313/2024,JN.1.51 -Japan/PG-595733/2024,JN.1.51 -Japan/FR302-0267/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA288151/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA285764/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA289678/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA290341/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA289679/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA289706/2024,JN.1.51 -Australia/SA1443991/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007419/2024,JN.1.51 -Canada/AB-ABPHL-116620/2024,JN.1.51 -USA/NJ-CDC-QDX96100926/2024,JN.1.51 -Australia/SA1442078/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YFOX3/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-709334/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YRG44/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YRCFZ/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YRJTN/2024,JN.1.51 -Taiwan/CDC-F92022/2024,JN.1.51 -Japan/FR302-0067/2024,JN.1.51 -France/IDF-IPP04458/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA290913/2024,JN.1.51 -USA/CA-GBW-GKISBBBB23868/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291525/2024,JN.1.51 -USA/VA-GBW-H20-358-8113/2024,JN.1.51 -Singapore/R19MQ53/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292392/2024,JN.1.51 -Thailand/NIC_BKK_P1776/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YESJM/2024,JN.1.51 -USA/CA-HLX-STM-WGUB7HAF2/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA285750/2024,JN.1.51 -USA/NV-CDC-QDX92343957/2024,JN.1.51 -VNM/NHTD-OUCRU4234/2024,JN.1.51 -Japan/FR301-0071/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YF1HH/2024,JN.1.51 -Australia/VIC-VIDRL-00013448/2024,JN.1.51 -USA/HI-H2328573/2024,JN.1.51 -USA/CA-GBW-H10-020-3913/2024,JN.1.51 -CHN/SM240562/2024,JN.1.51 -Fujian/FCDC-SM0562/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291948/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA290874/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA289571/2024,JN.1.51 -Japan/TKYnat16669/2024,JN.1.51 -Japan/TKYnat16685/2024,JN.1.51 -Germany/ST-RKI-I-1143391/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA288481/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291442/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292116/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA285895/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292673/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291258/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA286117/2024,JN.1.51 -USA/TX-HHD-2403072670/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291911/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292022/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292442/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291241/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02357/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02354/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02428/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02364/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02355/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02359/2024,JN.1.51 -Finland/THL-02179/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA290667/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA288711/2024,JN.1.51 -USA/CA-GBW-GKPLAAAA10156/2024,JN.1.51 -USA/CA-GBW-GKISBBBC38529/2024,JN.1.51 -Fujian/FCDC-NP0666/2024,JN.1.51 -CHN/NP240666/2024,JN.1.51 -England/CLIMB-CM7YJCWG/2024,JN.1.51 -Singapore/R21MQ133/2024,JN.1.51 -CHN/HB-Wuhan-4928/2024,JN.1.51 -Hubei/HCDC-WH4928/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292229/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292251/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292231/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292277/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA292226/2024,JN.1.51 -Hubei/HCDC-HS5072/2024,JN.1.51 -NewZealand/24ZA1780/2024,JN.1.51 -NewZealand/24YA3642/2024,JN.1.51 -Australia/WA16048/2024,JN.1.51 -Australia/WA16040/2024,JN.1.51 -NewZealand/24ZA1789/2024,JN.1.51 -NewZealand/24YA3365/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707698/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707697/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707694/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707696/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707690/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707695/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708535/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708534/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708533/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708735/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708532/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-708540/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707691/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707700/2024,JN.1.51 -Canada/BC-BCCDC-707699/2024,JN.1.51 -Australia/WA16001/2024,JN.1.51 -Australia/NSW-ICPMR-53044/2024,JN.1.51 -Australia/NSW-ICPMR-53366/2024,JN.1.51 -Australia/SA1279302/2024,JN.1.51 -Australia/SA1283325/2024,JN.1.51 -Australia/WA16006/2024,JN.1.51 -Japan/FR034-0095/2024,JN.1.51 -Australia/NSW-ICPMR-53440/2024,JN.1.51 -Australia/NSW-ICPMR-53183/2024,JN.1.51 -Australia/NSW-ICPMR-53548/2024,JN.1.51 -Australia/WA16039/2024,JN.1.51 -Australia/SA1333545/2024,JN.1.51 -USA/UT-UPHL-240517477319/2024,JN.1.51 -NewZealand/24ZA1334/2024,JN.1.51 -Australia/SA1349238/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007433/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007458/2024,JN.1.51 -Japan/FR049-0132/2024,JN.1.51 -Japan/FR049-0149/2024,JN.1.51 -Australia/QLD0x01419B/2024,JN.1.51 -SouthKorea/KDCA291825/2024,JN.1.51 -Japan/SUPCRC-6351/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007345/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007462/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007376/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007393/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007456/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007391/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007377/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007453/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007447/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007451/2024,JN.1.51 -Australia/TAS007455/2024,JN.1.51 -Australia/SA1464649/2024,JN.1.51 -Australia/SA1443999/2024,JN.1.51 -Australia/SA1379752/2024,JN.1.51 -USA/CA-LACPHL-AY06472/2024,JN.1.51 -Australia/SA1361861/2024,JN.1.51 -Australia/SA1443600/2024,JN.1.51 -Australia/SA1464670/2024,JN.1.51 -Australia/SA1469176/2024,JN.1.51 -Australia/SA1377113/2024,JN.1.51 -Australia/SA1356572/2024,JN.1.51 -Australia/SA1387184/2024,JN.1.51 +USA/FL-CDC-LC1103932/2024,JN.1.51.1 +Japan/FR004-0004/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA291756/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA290610/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA286258/2024,JN.1.51.1 +USA/WA-GBW-H10-019-6464/2024,JN.1.51.1 +USA/WA-GBW-GKISBBBB54307/2024,JN.1.51.1 +Thailand/NIC_BKK_P1816/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA287660/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA286043/2024,JN.1.51.1 +Japan/FR301-0286/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA291313/2024,JN.1.51.1 +Japan/PG-595733/2024,JN.1.51.1 +Japan/FR302-0267/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA288151/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA285764/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA289678/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA290341/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA289679/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA289706/2024,JN.1.51.1 +Australia/SA1443991/2024,JN.1.51.1 +Australia/TAS007419/2024,JN.1.51.1 +Canada/AB-ABPHL-116620/2024,JN.1.51.1 +USA/NJ-CDC-QDX96100926/2024,JN.1.51.1 +Australia/SA1442078/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YFOX3/2024,JN.1.51.1 +Canada/BC-BCCDC-709334/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YRG44/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YRCFZ/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YRJTN/2024,JN.1.51.1 +Taiwan/CDC-F92022/2024,JN.1.51.1 +Japan/FR302-0067/2024,JN.1.51.1 +France/IDF-IPP04458/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA290913/2024,JN.1.51.1 +USA/CA-GBW-GKISBBBB23868/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA291525/2024,JN.1.51.1 +USA/VA-GBW-H20-358-8113/2024,JN.1.51.1 +Singapore/R19MQ53/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA292392/2024,JN.1.51.1 +Thailand/NIC_BKK_P1776/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YESJM/2024,JN.1.51.1 +USA/CA-HLX-STM-WGUB7HAF2/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA285750/2024,JN.1.51.1 +USA/NV-CDC-QDX92343957/2024,JN.1.51.1 +VNM/NHTD-OUCRU4234/2024,JN.1.51.1 +Japan/FR301-0071/2024,JN.1.51.1 +England/CLIMB-CM7YF1HH/2024,JN.1.51.1 +Australia/VIC-VIDRL-00013448/2024,JN.1.51.1 +USA/HI-H2328573/2024,JN.1.51.1 +USA/CA-GBW-H10-020-3913/2024,JN.1.51.1 +CHN/SM240562/2024,JN.1.51.1 +Fujian/FCDC-SM0562/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA291948/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA290874/2024,JN.1.51.1 +SouthKorea/KDCA289571/2024,JN.1.51.1 +Japan/TKYnat16669/2024,JN.1.51.1 +Japan/TKYnat16685/2024,JN.1.51.1 +Germany/ST-RKI-I-1143391/2024,JN.1.51.1 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