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auto_mito.sh
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auto_mito.sh
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#!/bin/bash
#Written by: Filipe Dezordi (https://dezordi.github.io/)
#At FioCruz/IAM - 29 Nov. 2020
#Esse script automatiza o mito.sh, evitando repetir várias linhas de análise quando trabalhamos com vários genomas
#os argumentos são passados conforme a ordem de chamada da linha de comando:
#bash auto_mito.sh genomes_fastq_adapters.lst ~/softwares/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar /home/alexandre/softwares/mira_4.0.2/ 8
#Inserindo argumentos em variáveis:
files=$1 #a list file with <genome>:<fastq1>:<fastq2>:<adapters>
TRIMMO=$2 #trimmomatic program file
MIRA=$3 #mirapath
THREADS=$4 #threads
while read linha;do #para cada linha do arquivo
genome=$(echo $linha | awk -F":" '{print $1}') #awk -F ":" quebra a linha em colunas, pelo separador ":", a coluna $1 é o nome do arquivo de genoma
fastq1=$(echo $linha | awk -F":" '{print $2}') #a coluna $2 fastq foward
fastq2=$(echo $linha | awk -F":" '{print $3}') #a coluna $3 fastq reverse
adapters=$(echo $linha | awk -F":" '{print $4}') #a coluna 4 caminho e arquivo de adaptadores
bash mito.sh $genome $fastq1 $fastq2 $adapters $TRIMMO $MIRA $THREADS #roda o mito.sh com as 4 variáveis criadas, o trimmomatic, o mira e o número de threads
done < $files #o laço será feito no arquivo files