用bedtools统计深度和覆盖度 - 生物信息文件夹

[pzweuj]

https://pzweuj.github.io/2019/03/11/bedtools-counts.html

bedtools 也是一个常驻我环境变量的软件了。突然有一个需求，是统计任意深度的百分比，一时半会，没想到有什么现成的工具可以用，所以就用bedtools来统计了。操作很简单，需要的输入文件是一个排过序的bam。看一下统计原理:可以看出，当加入参数-d -split的时候，可以得到比较好进行下一步统计的结果。be...