reverse_ATGC_TACG

# usr/bin/perl -w
use strict;

unless (@ARGV==2) {                                               		#@ARGV传给脚本的命令行参数列表 
    die"Usage: perl $0 <input:fasta> <output:ID,len,%GC,seq>\n";        #当命令行参数不是2的时候输出使用说明
}

my ($infile,$outfile) = @ARGV;                                    		#把命令行参数赋值给输入文件和输出文件
open(IN,"<$infile") || die "error: can't open infile: $infile";      	#打开输入文件句柄IN
open(OUT,">$outfile") || die "error: can't make outfile: $outfile"; 	#打开输出文件句柄OUT

my $line=<IN>;															#读取第一行，>cog1				
if($line=~m/^>/)													    #~m//与^>(\S+)进行匹配,^>表示匹配以>开头的
{
	chomp($line);														#去除末尾换行符
	print OUT "$line\t";  												#输出第一行，>cog1
}

my $seq;																#申明全局变量:$seq

while($line=<IN>)														#while为一行一行遍历输入信息
{
	if($line !~ /^>/)													#不以>开头
	{
		$line=~s/[\n\s+]//g;											#对于序列，去除换行符，[]表示匹配符合[]内的内容，然后~s/a/b/用b替换a
		$seq.=$line;													#$seq=$seq.$line  起连接的作用
	}elsif($line=~/^>/)													#判断是否匹配以>开头
	{
		chomp($line);													#去除末尾换行符
		my $GC = $seq =~ tr/GC/GC/;										#计算G或C碱基个数
		my $len=length($seq);											#获取$seq的长度
		my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; 							#计算GC含量，如果长度为0，GC含量算0
		my $seq_reverse=reverse $seq;									#将序列反向
		   $seq_reverse=~ tr/TACG/ATGC/;								#将序列进行互补
		#输出结果到输出文件
		print OUT $len;
		print OUT "\t$gc_cont"; 										
		print OUT "\n$seq_reverse";
		$seq="";														#每次取完序列长度后清空变量
		print OUT "\n$line\t";
	}
}
#最后一个序列后没有>号了要单独输出
my $GC = $seq =~ tr/GC/GC/;
my $len=length($seq);
my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0;
my $seq_reverse=reverse $seq;
   $seq_reverse=~ tr/TACG/ATGC/;
print OUT "$len\t$gc_cont\n$seq_reverse";

close IN;
close OUT;