Parse MEAT-T and remove THVIANDE

[syphax-bouazzouni]

Source :

slack from @saubin78

Original request:

The problem

META-T contain errors in the file that don't allow parsing (see errors.log in /srv/ontoportal/data/repository/MEAT-T/1/errors.log)

Todo

• Fix the errors in the MEAT-T file
• remove THVIANDE

[jonquet]

@saubin78
Voici les erreurs identifier par @syphax-bouazzouni

lineNumber: 2099; columnNumber: 3; The element type “skos:definition” must be terminated by the matching end-tag “</skos:definition>”

Encountered ” <FULLIRI> “<?xml version=\“1.0\” encoding=\“UTF-8\“?> “” at line 1, column 1. Was expecting one of:  “Ontology” ... ,  “Prefix” ...

 IRI included an unencoded space: ‘32’ [line 1]

<?xml version=“1.0” encoding=“UTF-8"?>' at line 1 column 1.  Expected either ‘Ontology:’ or ‘Prefix:’

Unexpected character (‘<’ (code 60)): expected a valid value (number, String, array, object, ‘true’, ‘false’ or ‘null’) at [Source: (BufferedReader); line: 1, column: 2]

Encountered “” at line 1, column 1.

LINENO: 1 - Could not find tag separator ‘:’ in line. LINE: <?xml version=“1.0” encoding=“UTF-8"?>

Encountered ” “>” “<?xml version=\“1.0\” encoding=\“UTF-8\“?> “” at line 1, column 1.

Je confirme que le fichier ne s'ouvre pas dans Protégé (donc ne se parse pas avec l'OWL-API)

****

[saubin78]

Salut
Merci pour vos retours et bons conseils. Je confirme qu'il est nécessaire de passer le thésaurus dans Protégé et d'en faire un export pour avoir le bon format (par ailleurs, il y avait des erreurs grossières dans mon fichier, j'ai dû faire une fausse manip et couper du contenu)
J'ai encore qq ajustements à faire pour charger une version définitive en prod.

[saubin78]

ca passe sur stageportal http://stageportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T mais pas en prod http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T
Le fichier n'est pas parsé http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T/submissions/1/download?apikey=30968836-a520-4ae5-9da8-892a643349f1
Pouvez-vous regarder ce qu'il se passe ? merci

[saubin78]

Après quelques minutes, il semble que ce soit passé sur la prod aussi. Il affiche bien les classes. Par contre, sur la page Summary, il montre toujours une erreur au niveau de la soumission

Je complèterai les métadonnées asap

[jonquet]

De notre coté cela s'affiche bien et c'est bien parsé:
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/MEAT-T/?p=summary

Il a l'air niquel ce thèsaurus ;)

Fin des logs il y a 8 mlinutes suelement :
[2022-02-18T17:55:56.227051 #1516] INFO -- : ["Completed caching ontology: MEAT-T (....

@saubin78 pense a vider ton cache du navigateur si tu ne vois pas le résultat.

[saubin78]

Super !
Merci à tous les deux, les labels sont mieux gérés dans Agroportal :-) avec toute la hiérarchie en anglais
J'espère que ce thésaurus s'enrichira bientôt de mappings.
Bon week-end

[syphax-bouazzouni]

De rien @saubin78 , merci a vous d'utiliser Agroportal.

J'ai supprime aussi THVIANDE et ferme cette issue.