verdi quicksetup failure on MacOS #4032
Comments
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@iclnmh, so I can see what the connection details look like, could you perhaps try running: $ psql postgres
psql (11.3)
Type "help" for help.
postgres=# \conninfo
You are connected to database "postgres" as user "ubuntu" via socket in "/tmp" at port "5432".
postgres=# \q(assuming your database is running, i.e. after oh and also what are the cintents of the |
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cc'ing @ltalirz since this could be relevant to pgsu? |
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I get something similar trying to follow the same instructions on Mac: after the migration it hangs for a while, then gives: sqlalchemy.exc.OperationalError: (psycopg2.OperationalError) could not connect to server: Operation timed out
Is the server running on host "None" (92.242.132.24) and accepting
TCP/IP connections on port 5432?BUT if I did @iclnmh perhaps try directly specifying |
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(aiida) nh@iMac-Pro ~ % psql postgres postgres=# \conninfo |
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verdi quicksetup --db-name other verdi quicksetup --db-name other --db-username nh Info: enter "?" for help |
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@chrisjsewell Verdi is then up and running. I pushed forward testing the installation instructions and had the following problems (I do hope that this helps). In [1]: !verdi status but a fresh checkout of aiida-crystal17 reveals two more problems with the current installation instructions: Pytest Fails: pytest /Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/manage/fixtures.py:22: AiidaDeprecationWarning: this module is deprecated, use Installation of the package fails: % pip install -e . Then, of course, In [2]: !verdi plugin list aiida.calculations crystal17.basic fails as the entry point is missing Note that Verdi finds the calculator ! % verdi plugin list aiida.calculations
Info: Pass the entry point as an argument to display detailed information |
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thanks @iclnmh I've done some testing and it appears to be and issue of creating a new database user name, and then using it in the same command execution:
Using |
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@iclnmh we can move the aiida-crystal17 specific issues to aiidaplugins/aiida-crystal17#34 |
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Hi guys, thanks for reporting this. |
chrisjsewell
changed the title
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@ltalirz this appears to be the issue: aiida-core/aiida/manage/external/postgres.py Lines 194 to 200 in f7ac506 from: print(self.connection_mode)
print(self.dsn)on Mac I get: If you also use |
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I see. The difference between specifying a host ( I'm surprised to run into this issue, since pgsu is tested on MacOS with postgres installed via conda: |
Well both I and @iclnmh have individually observed this, so it seems to be not anything unique to either of our setups. Obviously if anyone else has a Mac, it would be good for them to test it also. Anyway the error due to |
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Sure, I didn't mean to dismiss your observation and we need to fix it in any case! One question: does the |
Oh no I didn't mean to imply you were 😁
will test probably tomorrow |
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@chrisjsewell Still waiting for that |
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Error when trying to setup a profile: (aiida) flavianojs@Flavianos-MacBook-Pro ~ % verdi quicksetup The above exception was the direct cause of the following exception: Traceback (most recent call last): (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/13/e3q8) |
just on this: yes the |
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@ltalirz at a guess, perhaps when parsing |
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Thanks @chrisjsewell , this might indeed be the issue. I just confirmed with This also explains why part of the setup worked fine (the stuff happening inside quicksetup). |
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I refer you to my initial comment 😁 |
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Ok, the way to resolve it is probably simply not to pass the hostname parameter. |
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so remove None from setup_parameters? that could work |
And I refer to my reply ;-) #4032 (comment)
Exactly. |
setup_parameters = {k: v for k, v in setup_parameters.items() if v is not None} |
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yes. do you want to open the PR? |
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on it |
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This is something we need to keep in mind wherever we use I will open an issue for this. |
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it may just be to do with the code in |
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About the comment: @ltalirz when you want to use a |
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Ok, I think that if you really want to use aiida-core/aiida/backends/utils.py Lines 27 to 38 in b9d4bbe one needs to say something a bit different. Probably: separator = ':' if profile.database_port else ''
connection_part = '' if hostname is None else '{user}:{password}@{hostname}{separator}{port}'.format(
separator=separator,
user=profile.database_username,
password=profile.database_password,
hostname=profile.database_hostname,
port=profile.database_port,
)
engine_url = 'postgresql://{connection_part}/{name}'.format(
connection_part=connection_part,
name=profile.database_name
)
return create_engine(
engine_url, json_serializer=json.dumps, json_deserializer=json.loads, encoding='utf-8', **kwargs
) I tried with Mohammad and the new string works on a Mac with conda. This is what we tried, for ref: where @ltalirz @chrisjsewell @sphuber what do you think of this solution? Note: I didn't test the actual snippet above |
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so if you use postgres with conda+osx, you can no longer specify a port. That doesn't seem right? |
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@giovannipizzi Thanks for pointing us to this utils code. My first comment would be that this code (at least the one to construct the engine_url form an AiiDA profile) in my view really belongs in the aiida.manage.external.postgres module (doesn't have to be inside the I do agree that we will need to adapt it for the case when the hostname is not set - as you may have discovered yourself, providing a hostname Finally, where is the corresponding code for django, and can we move it inside postgres.py as well? P.S. The header of the file says: aiida-core/aiida/backends/utils.py Line 10 in b9d4bbe ;-) |
This is in The reason there is no Django equivalent code is because this part is used by all database backends. Even the Django implementation uses this through the |
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connection_part = If hostname is None else.. did not work because the hostname is not defined. By using a try-except block instead of if-else however no errors are thrown by setting up a profile. I opened a verdi shell and entered |
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Thanks @c-cppx for the report! separator = ':' if profile.database_port else ''
connection_part = '' if profile.database_hostname is None else '{user}:{password}@{hostname}{separator}{port}'.format(
separator=separator,
user=profile.database_username,
password=profile.database_password,
hostname=profile.database_hostname,
port=profile.database_port,
)
engine_url = 'postgresql://{connection_part}/{name}'.format(
connection_part=connection_part,
name=profile.database_name
)
return create_engine(
engine_url, json_serializer=json.dumps, json_deserializer=json.loads, encoding='utf-8', **kwargs
) Good to know that this is a good fix! |
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This works as well for me. (But I removed the additional space in the last 4 lines.) |
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One comment on I just checked and this conversion of parameters to strings by import click
@click.group()
def group():
pass
@group.command('test')
def test(param):
print(param, type(param))
@group.command()
@click.pass_context
def inv(ctx):
ctx.invoke(test, None)
ctx.invoke(test, 'None')
if __name__ == '__main__':
group()I.e. as @chrisjsewell suspected, it seems we are causing this conversion in our |
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@ltalirz are you sure we are invoking with @c-cppx thanks, indeed you are right, I left over some spaces when copy-pasting, thanks for pointing this out! |
No, I wasn't sure - indeed, I see now that the issue may just be that the connection string did not support peer authentication. |
Posted on behalf of @iclnmh,
On Mac OS X 10.15.3, Anaconda + conda installed fresh fails with:
Terminal log:
(base) nh@iMac-Pro ~ % conda info
populated config files : /Users/nh/.condarc
conda version : 4.8.3
conda-build version : 3.18.11
python version : 3.7.7.final.0
virtual packages : __osx=10.15.3
base environment : /Users/nh/opt/anaconda3 (writable)
channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/osx-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/osx-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
package cache : /Users/nh/opt/anaconda3/pkgs
/Users/nh/.conda/pkgs
envs directories : /Users/nh/opt/anaconda3/envs
/Users/nh/.conda/envs
platform : osx-64
user-agent : conda/4.8.3 requests/2.23.0 CPython/3.7.7 Darwin/19.3.0 OSX/10.15.3
UID:GID : 501:20
netrc file : None
offline mode : False
(base) nh@iMac-Pro ~ % conda create -n aiida -c conda-forge aiida-core aiida-core.services
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
Package Plan
environment location: /Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida
added / updated specs:
- aiida-core
- aiida-core.services
The following packages will be downloaded:
The following NEW packages will be INSTALLED:
aiida-core conda-forge/osx-64::aiida-core-1.2.1-py37hc8dfbb8_1
aiida-core.servic~ conda-forge/osx-64::aiida-core.services-1.2.1-1
aldjemy conda-forge/noarch::aldjemy-0.9.1-py_2
alembic conda-forge/noarch::alembic-1.4.2-pyh9f0ad1d_0
anyjson conda-forge/osx-64::anyjson-0.3.3-py37_1001
appnope conda-forge/osx-64::appnope-0.1.0-py37hc8dfbb8_1001
argon2_cffi conda-forge/osx-64::argon2_cffi-19.1.0-py37h0b31af3_1000
arrow conda-forge/osx-64::arrow-0.15.5-py37_0
babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0
backcall conda-forge/noarch::backcall-0.1.0-py_0
bcrypt conda-forge/osx-64::bcrypt-3.1.7-py37h9bfed18_1
bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0b31af3_2
ca-certificates conda-forge/osx-64::ca-certificates-2020.4.5.1-hecc5488_0
certifi conda-forge/osx-64::certifi-2020.4.5.1-py37hc8dfbb8_0
cffi conda-forge/osx-64::cffi-1.14.0-py37h356ff06_0
circus conda-forge/osx-64::circus-0.16.1-py37_1
click conda-forge/noarch::click-7.1.2-pyh9f0ad1d_0
click-completion conda-forge/osx-64::click-completion-0.5.1-py37_1
click-config-file conda-forge/noarch::click-config-file-0.5.0-py_0
click-spinner conda-forge/noarch::click-spinner-0.1.10-pyh9f0ad1d_0
colour conda-forge/noarch::colour-0.1.5-py_0
configobj conda-forge/noarch::configobj-5.0.6-py_0
cryptography conda-forge/osx-64::cryptography-2.9.2-py37he655712_0
dbus conda-forge/osx-64::dbus-1.13.6-h2f22bb5_0
decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0
django conda-forge/osx-64::django-2.2.8-py37_0
erlang conda-forge/osx-64::erlang-21.3-h7e52f02_0
ete3 conda-forge/noarch::ete3-3.1.1-py_1
expat conda-forge/osx-64::expat-2.2.9-h4a8c4bd_2
freetype conda-forge/osx-64::freetype-2.10.1-h8da9a1a_0
frozendict conda-forge/noarch::frozendict-1.2-pyh9f0ad1d_3
furl conda-forge/noarch::furl-2.1.0-py_0
future conda-forge/osx-64::future-0.18.2-py37hc8dfbb8_1
gettext conda-forge/osx-64::gettext-0.19.8.1-h46ab8bc_1002
glib conda-forge/osx-64::glib-2.64.2-h577aef8_0
graphviz conda-forge/osx-64::graphviz-2.42.3-h98dfb87_0
icu conda-forge/osx-64::icu-58.2-h0a44026_1000
idna conda-forge/noarch::idna-2.9-py_1
infinity conda-forge/noarch::infinity-1.4-py_0
intervals conda-forge/noarch::intervals-0.8.1-py_0
ipython conda-forge/osx-64::ipython-7.13.0-py37hc8dfbb8_2
ipython_genutils conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1
jedi conda-forge/osx-64::jedi-0.17.0-py37hc8dfbb8_0
jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-2.11.2-pyh9f0ad1d_0
jpeg conda-forge/osx-64::jpeg-9c-h1de35cc_1001
kiwipy conda-forge/osx-64::kiwipy-0.5.3-py37_1
krb5 conda-forge/osx-64::krb5-1.16.4-h1752a42_0
libblas conda-forge/osx-64::libblas-3.8.0-14_openblas
libcblas conda-forge/osx-64::libcblas-3.8.0-14_openblas
libcxx conda-forge/osx-64::libcxx-10.0.0-h1af66ff_2
libedit conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20170329-hcfe32e1_1001
libffi conda-forge/osx-64::libffi-3.2.1-h4a8c4bd_1007
libgfortran conda-forge/osx-64::libgfortran-3.0.1-0
libiconv conda-forge/osx-64::libiconv-1.15-h0b31af3_1006
liblapack conda-forge/osx-64::liblapack-3.8.0-14_openblas
libopenblas conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.7-hd44dcd8_1
libpng conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-hbbe82c9_1
libpq conda-forge/osx-64::libpq-11.3-h56406e1_0
libsodium conda-forge/osx-64::libsodium-1.0.17-h01d97ff_0
libtiff conda-forge/osx-64::libtiff-4.1.0-h2ae36a8_6
libwebp-base conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.1.0-h0b31af3_3
libxcb conda-forge/osx-64::libxcb-1.13-h1de35cc_1002
libxml2 conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.9-hd80cff7_2
libxslt conda-forge/osx-64::libxslt-1.1.32-h1e79283_1003
lxml conda-forge/osx-64::lxml-4.4.1-py37h08abf6f_0
lz4-c conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.2-h4a8c4bd_0
mako conda-forge/noarch::mako-1.1.0-py_0
markupsafe conda-forge/osx-64::markupsafe-1.1.1-py37h9bfed18_1
ncurses conda-forge/osx-64::ncurses-6.1-h0a44026_1002
numpy conda-forge/osx-64::numpy-1.17.5-py37hde6bac1_0
openssl conda-forge/osx-64::openssl-1.1.1g-h0b31af3_0
orderedmultidict conda-forge/noarch::orderedmultidict-1.0.1-py_0
paramiko conda-forge/osx-64::paramiko-2.7.1-py37_0
parso conda-forge/noarch::parso-0.7.0-pyh9f0ad1d_0
passlib conda-forge/noarch::passlib-1.7.1-py_0
pcre conda-forge/osx-64::pcre-8.44-h4a8c4bd_0
pexpect conda-forge/osx-64::pexpect-4.8.0-py37hc8dfbb8_1
pgsu conda-forge/osx-64::pgsu-0.1.0-py37hc8dfbb8_1
phonenumbers conda-forge/noarch::phonenumbers-8.10.14-py_0
pickleshare conda-forge/osx-64::pickleshare-0.7.5-py37hc8dfbb8_1001
pika conda-forge/noarch::pika-1.1.0-py_0
pip conda-forge/noarch::pip-20.1-pyh9f0ad1d_0
plumpy conda-forge/noarch::plumpy-0.14.5-pyh9f0ad1d_2
postgresql conda-forge/osx-64::postgresql-11.3-hf10c77c_0
prompt-toolkit conda-forge/noarch::prompt-toolkit-3.0.5-py_0
psutil conda-forge/osx-64::psutil-5.7.0-py37h9bfed18_1
psycopg2 conda-forge/osx-64::psycopg2-2.8.3-py37h212c5bf_0
pthread-stubs conda-forge/osx-64::pthread-stubs-0.4-h1de35cc_1001
ptyprocess conda-forge/noarch::ptyprocess-0.6.0-py_1001
pycparser conda-forge/noarch::pycparser-2.20-py_0
pygments conda-forge/noarch::pygments-2.6.1-py_0
pynacl conda-forge/osx-64::pynacl-1.3.0-py37h0b31af3_1001
pyqt conda-forge/osx-64::pyqt-5.9.2-py37h2a560b1_4
python conda-forge/osx-64::python-3.7.3-h0d93f26_0
python-dateutil conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0
python-editor conda-forge/noarch::python-editor-1.0.4-py_0
python-graphviz conda-forge/noarch::python-graphviz-0.14-pyh9f0ad1d_0
python_abi conda-forge/osx-64::python_abi-3.7-1_cp37m
pytz conda-forge/noarch::pytz-2019.3-py_0
pyyaml conda-forge/osx-64::pyyaml-5.1.2-py37h0b31af3_1
pyzmq conda-forge/osx-64::pyzmq-19.0.0-py37haec44b1_1
qt conda-forge/osx-64::qt-5.9.7-h93ee506_2
rabbitmq-server conda-forge/osx-64::rabbitmq-server-3.7.16-0
readline conda-forge/osx-64::readline-7.0-hcfe32e1_1001
reentry conda-forge/osx-64::reentry-1.3.1-py37hc8dfbb8_1
scipy conda-forge/osx-64::scipy-1.3.1-py37hab3da7d_2
setuptools conda-forge/osx-64::setuptools-46.1.3-py37hc8dfbb8_0
shellingham conda-forge/noarch::shellingham-1.3.2-py_0
shortuuid conda-forge/osx-64::shortuuid-1.0.1-py37hc8dfbb8_2
simplejson conda-forge/osx-64::simplejson-3.17.0-py37h0b31af3_0
sip conda-forge/osx-64::sip-4.19.8-py37h0a44026_1000
six conda-forge/noarch::six-1.14.0-py_1
sqlalchemy conda-forge/osx-64::sqlalchemy-1.3.16-py37h9bfed18_0
sqlalchemy-utils conda-forge/noarch::sqlalchemy-utils-0.34.2-py_0
sqlite conda-forge/osx-64::sqlite-3.28.0-h9721f7c_0
sqlparse conda-forge/noarch::sqlparse-0.3.1-py_0
tabulate conda-forge/noarch::tabulate-0.8.7-pyh9f0ad1d_0
tk conda-forge/osx-64::tk-8.6.10-hbbe82c9_0
topika conda-forge/osx-64::topika-0.2.1-py37_1
tornado conda-forge/osx-64::tornado-4.5.3-py37h0b31af3_1002
traitlets conda-forge/osx-64::traitlets-4.3.3-py37hc8dfbb8_1
tzcode conda-forge/osx-64::tzcode-2020a-h0b31af3_0
tzlocal conda-forge/noarch::tzlocal-2.0.0-py_0
upf_to_json conda-forge/noarch::upf_to_json-0.9.2-py_0
wcwidth conda-forge/noarch::wcwidth-0.1.9-pyh9f0ad1d_0
wheel conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
wrapt conda-forge/osx-64::wrapt-1.11.2-py37h9bfed18_0
xorg-kbproto conda-forge/osx-64::xorg-kbproto-1.0.7-h1de35cc_1002
xorg-libice conda-forge/osx-64::xorg-libice-1.0.10-h01d97ff_0
xorg-libsm conda-forge/osx-64::xorg-libsm-1.2.3-h01d97ff_1000
xorg-libx11 conda-forge/osx-64::xorg-libx11-1.6.9-h0b31af3_0
xorg-libxau conda-forge/osx-64::xorg-libxau-1.0.9-h1de35cc_0
xorg-libxdmcp conda-forge/osx-64::xorg-libxdmcp-1.1.3-h01d97ff_0
xorg-libxext conda-forge/osx-64::xorg-libxext-1.3.4-h01d97ff_0
xorg-libxrender conda-forge/osx-64::xorg-libxrender-0.9.10-h01d97ff_1002
xorg-renderproto conda-forge/osx-64::xorg-renderproto-0.11.1-h1de35cc_1002
xorg-xextproto conda-forge/osx-64::xorg-xextproto-7.3.0-h1de35cc_1002
xorg-xproto conda-forge/osx-64::xorg-xproto-7.0.31-h1de35cc_1007
xz conda-forge/osx-64::xz-5.2.5-h0b31af3_0
yaml conda-forge/osx-64::yaml-0.2.4-h0b31af3_0
zeromq conda-forge/osx-64::zeromq-4.3.2-h6de7cb9_2
zlib conda-forge/osx-64::zlib-1.2.11-h0b31af3_1006
zstd conda-forge/osx-64::zstd-1.4.4-h4b3e974_3
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
pexpect-4.8.0 | 79 KB | ############################################################################################################ | 100%
libffi-3.2.1 | 42 KB | ############################################################################################################ | 100%
colour-0.1.5 | 17 KB | ############################################################################################################ | 100%
sqlparse-0.3.1 | 30 KB | ############################################################################################################ | 100%
sip-4.19.8 | 251 KB | ############################################################################################################ | 100%
icu-58.2 | 22.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
pgsu-0.1.0 | 15 KB | ############################################################################################################ | 100%
pyqt-5.9.2 | 4.5 MB | ############################################################################################################ | 100%
jinja2-2.11.2 | 93 KB | ############################################################################################################ | 100%
sqlite-3.28.0 | 2.4 MB | ############################################################################################################ | 100%
babel-2.8.0 | 6.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
wheel-0.34.2 | 24 KB | ############################################################################################################ | 100%
circus-0.16.1 | 269 KB | ############################################################################################################ | 100%
libiconv-1.15 | 1.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
argon2_cffi-19.1.0 | 43 KB | ############################################################################################################ | 100%
pygments-2.6.1 | 683 KB | ############################################################################################################ | 100%
python-3.7.3 | 20.7 MB | ############################################################################################################ | 100%
erlang-21.3 | 40.2 MB | ############################################################################################################ | 100%
bzip2-1.0.8 | 152 KB | ############################################################################################################ | 100%
wcwidth-0.1.9 | 20 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-xextproto-7.3.0 | 27 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-renderproto-0.1 | 9 KB | ############################################################################################################ | 100%
krb5-1.16.4 | 1.1 MB | ############################################################################################################ | 100%
cryptography-2.9.2 | 610 KB | ############################################################################################################ | 100%
upf_to_json-0.9.2 | 11 KB | ############################################################################################################ | 100%
django-2.2.8 | 4.7 MB | ############################################################################################################ | 100%
infinity-1.4 | 5 KB | ############################################################################################################ | 100%
aiida-core.services- | 4 KB | ############################################################################################################ | 100%
bcrypt-3.1.7 | 42 KB | ############################################################################################################ | 100%
tornado-4.5.3 | 642 KB | ############################################################################################################ | 100%
orderedmultidict-1.0 | 12 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libice-1.0.10 | 49 KB | ############################################################################################################ | 100%
pthread-stubs-0.4 | 5 KB | ############################################################################################################ | 100%
libgfortran-3.0.1 | 495 KB | ############################################################################################################ | 100%
pika-1.1.0 | 102 KB | ############################################################################################################ | 100%
pyyaml-5.1.2 | 172 KB | ############################################################################################################ | 100%
mako-1.1.0 | 57 KB | ############################################################################################################ | 100%
setuptools-46.1.3 | 636 KB | ############################################################################################################ | 100%
libxcb-1.13 | 307 KB | ############################################################################################################ | 100%
dbus-1.13.6 | 558 KB | ############################################################################################################ | 100%
pip-20.1 | 1.1 MB | ############################################################################################################ | 100%
yaml-0.2.4 | 80 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libxext-1.3.4 | 42 KB | ############################################################################################################ | 100%
furl-2.1.0 | 21 KB | ############################################################################################################ | 100%
libxslt-1.1.32 | 491 KB | ############################################################################################################ | 100%
phonenumbers-8.10.14 | 1.5 MB | ############################################################################################################ | 100%
paramiko-2.7.1 | 288 KB | ############################################################################################################ | 100%
arrow-0.15.5 | 96 KB | ############################################################################################################ | 100%
ete3-3.1.1 | 1.8 MB | ############################################################################################################ | 100%
aldjemy-0.9.1 | 20 KB | ############################################################################################################ | 100%
psycopg2-2.8.3 | 147 KB | ############################################################################################################ | 100%
lxml-4.4.1 | 1.4 MB | ############################################################################################################ | 100%
libcxx-10.0.0 | 1.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
libcblas-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################################################ | 100%
jpeg-9c | 237 KB | ############################################################################################################ | 100%
simplejson-3.17.0 | 99 KB | ############################################################################################################ | 100%
libsodium-1.0.17 | 308 KB | ############################################################################################################ | 100%
plumpy-0.14.5 | 62 KB | ############################################################################################################ | 100%
libpng-1.6.37 | 295 KB | ############################################################################################################ | 100%
appnope-0.1.0 | 9 KB | ############################################################################################################ | 100%
traitlets-4.3.3 | 133 KB | ############################################################################################################ | 100%
zstd-1.4.4 | 1.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
sqlalchemy-1.3.16 | 1.8 MB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libxrender-0.9. | 24 KB | ############################################################################################################ | 100%
cffi-1.14.0 | 214 KB | ############################################################################################################ | 100%
topika-0.2.1 | 51 KB | ############################################################################################################ | 100%
scipy-1.3.1 | 16.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
markupsafe-1.1.1 | 25 KB | ############################################################################################################ | 100%
zeromq-4.3.2 | 571 KB | ############################################################################################################ | 100%
tabulate-0.8.7 | 24 KB | ############################################################################################################ | 100%
expat-2.2.9 | 126 KB | ############################################################################################################ | 100%
shellingham-1.3.2 | 11 KB | ############################################################################################################ | 100%
glib-2.64.2 | 3.2 MB | ############################################################################################################ | 100%
ipython_genutils-0.2 | 21 KB | ############################################################################################################ | 100%
python-graphviz-0.14 | 19 KB | ############################################################################################################ | 100%
click-config-file-0. | 8 KB | ############################################################################################################ | 100%
libopenblas-0.3.7 | 8.4 MB | ############################################################################################################ | 100%
freetype-2.10.1 | 901 KB | ############################################################################################################ | 100%
ipython-7.13.0 | 1.1 MB | ############################################################################################################ | 100%
psutil-5.7.0 | 335 KB | ############################################################################################################ | 100%
libtiff-4.1.0 | 614 KB | ############################################################################################################ | 100%
frozendict-1.2 | 6 KB | ############################################################################################################ | 100%
click-7.1.2 | 64 KB | ############################################################################################################ | 100%
shortuuid-1.0.1 | 14 KB | ############################################################################################################ | 100%
aiida-core-1.2.1 | 2.2 MB | ############################################################################################################ | 100%
libwebp-base-1.1.0 | 766 KB | ############################################################################################################ | 100%
tzlocal-2.0.0 | 17 KB | ############################################################################################################ | 100%
xz-5.2.5 | 266 KB | ############################################################################################################ | 100%
python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################################################ | 100%
python-editor-1.0.4 | 9 KB | ############################################################################################################ | 100%
ncurses-6.1 | 1.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
prompt-toolkit-3.0.5 | 232 KB | ############################################################################################################ | 100%
ptyprocess-0.6.0 | 15 KB | ############################################################################################################ | 100%
openssl-1.1.1g | 1.9 MB | ############################################################################################################ | 100%
tzcode-2020a | 405 KB | ############################################################################################################ | 100%
qt-5.9.7 | 76.8 MB | ############################################################################################################ | 100%
anyjson-0.3.3 | 9 KB | ############################################################################################################ | 100%
six-1.14.0 | 13 KB | ############################################################################################################ | 100%
pycparser-2.20 | 89 KB | ############################################################################################################ | 100%
decorator-4.4.2 | 11 KB | ############################################################################################################ | 100%
libpq-11.3 | 2.4 MB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-xproto-7.0.31 | 72 KB | ############################################################################################################ | 100%
sqlalchemy-utils-0.3 | 61 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libxau-1.0.9 | 11 KB | ############################################################################################################ | 100%
pynacl-1.3.0 | 1.5 MB | ############################################################################################################ | 100%
wrapt-1.11.2 | 42 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libxdmcp-1.1.3 | 16 KB | ############################################################################################################ | 100%
libxml2-2.9.9 | 1.2 MB | ############################################################################################################ | 100%
configobj-5.0.6 | 31 KB | ############################################################################################################ | 100%
python-dateutil-2.8. | 220 KB | ############################################################################################################ | 100%
kiwipy-0.5.3 | 35 KB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libx11-1.6.9 | 873 KB | ############################################################################################################ | 100%
liblapack-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################################################ | 100%
backcall-0.1.0 | 13 KB | ############################################################################################################ | 100%
reentry-1.3.1 | 32 KB | ############################################################################################################ | 100%
readline-7.0 | 393 KB | ############################################################################################################ | 100%
jedi-0.17.0 | 809 KB | ############################################################################################################ | 100%
click-spinner-0.1.10 | 8 KB | ############################################################################################################ | 100%
numpy-1.17.5 | 5.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
postgresql-11.3 | 4.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-kbproto-1.0.7 | 26 KB | ############################################################################################################ | 100%
pcre-8.44 | 222 KB | ############################################################################################################ | 100%
idna-2.9 | 52 KB | ############################################################################################################ | 100%
ca-certificates-2020 | 146 KB | ############################################################################################################ | 100%
pyzmq-19.0.0 | 448 KB | ############################################################################################################ | 100%
rabbitmq-server-3.7. | 13.0 MB | ############################################################################################################ | 100%
certifi-2020.4.5.1 | 151 KB | ############################################################################################################ | 100%
tk-8.6.10 | 3.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
xorg-libsm-1.2.3 | 22 KB | ############################################################################################################ | 100%
future-0.18.2 | 713 KB | ############################################################################################################ | 100%
pytz-2019.3 | 237 KB | ############################################################################################################ | 100%
click-completion-0.5 | 19 KB | ############################################################################################################ | 100%
libedit-3.1.20170329 | 152 KB | ############################################################################################################ | 100%
zlib-1.2.11 | 101 KB | ############################################################################################################ | 100%
intervals-0.8.1 | 10 KB | ############################################################################################################ | 100%
graphviz-2.42.3 | 7.1 MB | ############################################################################################################ | 100%
libblas-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################################################ | 100%
gettext-0.19.8.1 | 3.3 MB | ############################################################################################################ | 100%
passlib-1.7.1 | 372 KB | ############################################################################################################ | 100%
pickleshare-0.7.5 | 12 KB | ############################################################################################################ | 100%
parso-0.7.0 | 67 KB | ############################################################################################################ | 100%
alembic-1.4.2 | 111 KB | ############################################################################################################ | 100%
lz4-c-1.9.2 | 164 KB | ############################################################################################################ | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
To activate this environment, use
$ conda activate aiida
To deactivate an active environment, use
$ conda deactivate
(base) nh@iMac-Pro ~ % conda activate aiida
(aiida) nh@iMac-Pro ~ % reentry scan
(aiida) nh@iMac-Pro ~ % initdb -D mylocalDB
The files belonging to this database system will be owned by user "nh".
This user must also own the server process.
The database cluster will be initialized with locale "en_GB.UTF-8".
The default database encoding has accordingly been set to "UTF8".
The default text search configuration will be set to "english".
Data page checksums are disabled.
creating directory mylocalDB ... ok
creating subdirectories ... ok
selecting dynamic shared memory implementation ... posix
selecting default max_connections ... 100
selecting default shared_buffers ... 128MB
selecting default time zone ... Europe/London
creating configuration files ... ok
running bootstrap script ... ok
performing post-bootstrap initialization ... ok
syncing data to disk ... ok
initdb: warning: enabling "trust" authentication for local connections
You can change this by editing pg_hba.conf or using the option -A, or
--auth-local and --auth-host, the next time you run initdb.
Success. You can now start the database server using:
(aiida) nh@iMac-Pro ~ % pg_ctl -D mylocalDB -l logfile start
waiting for server to start.... done
server started
(aiida) nh@iMac-Pro ~ % verdi quicksetup
Info: enter "?" for help
Info: enter "!" to ignore the default and set no value
Profile name [quicksetup]: me
Email Address (for sharing data) [[email protected]]:
First name [Nic]:
Last name [Harrison]:
Institution [ICL]:
Success: created new profile
me.Info: migrating the database.
Operations to perform:
Apply all migrations: auth, contenttypes, db
Running migrations:
Applying contenttypes.0001_initial... OK
Applying contenttypes.0002_remove_content_type_name... OK
Applying auth.0001_initial... OK
Applying auth.0002_alter_permission_name_max_length... OK
Applying auth.0003_alter_user_email_max_length... OK
Applying auth.0004_alter_user_username_opts... OK
Applying auth.0005_alter_user_last_login_null... OK
Applying auth.0006_require_contenttypes_0002... OK
Applying auth.0007_alter_validators_add_error_messages... OK
Applying auth.0008_alter_user_username_max_length... OK
Applying auth.0009_alter_user_last_name_max_length... OK
Applying auth.0010_alter_group_name_max_length... OK
Applying auth.0011_update_proxy_permissions... OK
Applying db.0001_initial... OK
Applying db.0002_db_state_change... OK
Applying db.0003_add_link_type... OK
Applying db.0004_add_daemon_and_uuid_indices... OK
Applying db.0005_add_cmtime_indices... OK
Applying db.0006_delete_dbpath... OK
Applying db.0007_update_linktypes... OK
Applying db.0008_code_hidden_to_extra... OK
Applying db.0009_base_data_plugin_type_string... OK
Applying db.0010_process_type... OK
Applying db.0011_delete_kombu_tables... OK
Applying db.0012_drop_dblock... OK
Applying db.0013_django_1_8... OK
Applying db.0014_add_node_uuid_unique_constraint... OK
Applying db.0015_invalidating_node_hash... OK
Applying db.0016_code_sub_class_of_data... OK
Applying db.0017_drop_dbcalcstate... OK
Applying db.0018_django_1_11... OK
Applying db.0019_migrate_builtin_calculations... OK
Applying db.0020_provenance_redesign... OK
Applying db.0021_dbgroup_name_to_label_type_to_type_string... OK
Applying db.0022_dbgroup_type_string_change_content... OK
Applying db.0023_calc_job_option_attribute_keys... OK
Applying db.0024_dblog_update... OK
Applying db.0025_move_data_within_node_module... OK
Applying db.0026_trajectory_symbols_to_attribute... OK
Applying db.0027_delete_trajectory_symbols_array... OK
Applying db.0028_remove_node_prefix... OK
Applying db.0029_rename_parameter_data_to_dict... OK
Applying db.0030_dbnode_type_to_dbnode_node_type... OK
Applying db.0031_remove_dbcomputer_enabled... OK
Applying db.0032_remove_legacy_workflows... OK
Applying db.0033_replace_text_field_with_json_field... OK
Applying db.0034_drop_node_columns_nodeversion_public... OK
Applying db.0035_simplify_user_model... OK
Applying db.0036_drop_computer_transport_params... OK
Applying db.0037_attributes_extras_settings_json... OK
Applying db.0038_data_migration_legacy_job_calculations... OK
Applying db.0039_reset_hash... OK
Applying db.0040_data_migration_legacy_process_attributes... OK
Applying db.0041_seal_unsealed_processes... OK
Applying db.0042_prepare_schema_reset... OK
Applying db.0043_default_link_label... OK
Applying db.0044_dbgroup_type_string... OK
Success: database migration completed.
Traceback (most recent call last):
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 2285, in _wrap_pool_connect
return fn()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 363, in connect
return _ConnectionFairy._checkout(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 773, in _checkout
fairy = _ConnectionRecord.checkout(pool)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 492, in checkout
rec = pool._do_get()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/impl.py", line 139, in _do_get
self.dec_overflow()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/langhelpers.py", line 69, in exit
exc_value, with_traceback=exc_tb,
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 178, in raise
raise exception
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/impl.py", line 136, in _do_get
return self._create_connection()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 308, in _create_connection
return _ConnectionRecord(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 437, in init
self.__connect(first_connect_check=True)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 657, in _connect
pool.logger.debug("Error on connect(): %s", e)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/langhelpers.py", line 69, in exit
exc_value, with_traceback=exc_tb,
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 178, in raise
raise exception
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 652, in __connect
connection = pool._invoke_creator(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/strategies.py", line 114, in connect
return dialect.connect(*cargs, **cparams)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/default.py", line 490, in connect
return self.dbapi.connect(*cargs, **cparams)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/psycopg2/init.py", line 126, in connect
conn = _connect(dsn, connection_factory=connection_factory, **kwasync)
psycopg2.OperationalError: could not translate host name "None" to address: nodename nor servname provided, or not known
The above exception was the direct cause of the following exception:
Traceback (most recent call last):
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/bin/verdi", line 11, in
sys.exit(verdi())
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 829, in call
return self.main(*args, **kwargs)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 782, in main
rv = self.invoke(ctx)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 1259, in invoke
return _process_result(sub_ctx.command.invoke(sub_ctx))
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 1066, in invoke
return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 610, in invoke
return callback(*args, **kwargs)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/decorators.py", line 21, in new_func
return f(get_current_context(), *args, **kwargs)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/cmdline/commands/cmd_setup.py", line 171, in quicksetup
ctx.invoke(setup, **setup_parameters)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/click/core.py", line 610, in invoke
return callback(*args, **kwargs)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/cmdline/commands/cmd_setup.py", line 87, in setup
email=email, first_name=first_name, last_name=last_name, institution=institution
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/users.py", line 47, in get_or_create
return False, self.get(email=email)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/entities.py", line 133, in get
return res.one()[0]
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/querybuilder.py", line 2131, in one
res = self.all()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/querybuilder.py", line 2206, in all
return list(self.iterall(batch_size=batch_size))
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/querybuilder.py", line 2163, in iterall
for item in self._impl.iterall(query, batch_size, self._attrkeys_as_in_sql_result):
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/aiida/orm/implementation/querybuilder.py", line 322, in iterall
for rowitem in results:
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 3405, in iter
return self._execute_and_instances(context)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 3427, in _execute_and_instances
querycontext, self._connection_from_session, close_with_result=True
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 3442, in _get_bind_args
mapper=self._bind_mapper(), clause=querycontext.statement, **kw
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 3420, in _connection_from_session
conn = self.session.connection(**kw)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 1133, in connection
execution_options=execution_options,
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 1139, in _connection_for_bind
engine, execution_options
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/orm/session.py", line 432, in _connection_for_bind
conn = bind._contextual_connect()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 2251, in _contextual_connect
self._wrap_pool_connect(self.pool.connect, None),
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 2289, in wrap_pool_connect
e, dialect, self
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1555, in handle_dbapi_exception_noconnection
sqlalchemy_exception, with_traceback=exc_info[2], from=e
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 178, in raise
raise exception
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 2285, in _wrap_pool_connect
return fn()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 363, in connect
return _ConnectionFairy._checkout(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 773, in _checkout
fairy = _ConnectionRecord.checkout(pool)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 492, in checkout
rec = pool._do_get()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/impl.py", line 139, in _do_get
self.dec_overflow()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/langhelpers.py", line 69, in exit
exc_value, with_traceback=exc_tb,
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 178, in raise
raise exception
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/impl.py", line 136, in _do_get
return self._create_connection()
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 308, in _create_connection
return _ConnectionRecord(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 437, in init
self.__connect(first_connect_check=True)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 657, in _connect
pool.logger.debug("Error on connect(): %s", e)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/langhelpers.py", line 69, in exit
exc_value, with_traceback=exc_tb,
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 178, in raise
raise exception
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/pool/base.py", line 652, in __connect
connection = pool._invoke_creator(self)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/strategies.py", line 114, in connect
return dialect.connect(*cargs, **cparams)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/sqlalchemy/engine/default.py", line 490, in connect
return self.dbapi.connect(*cargs, **cparams)
File "/Users/nh/opt/anaconda3/envs/aiida/lib/python3.7/site-packages/psycopg2/init.py", line 126, in connect
conn = _connect(dsn, connection_factory=connection_factory, **kwasync)
sqlalchemy.exc.OperationalError: (psycopg2.OperationalError) could not translate host name "None" to address: nodename nor servname provided, or not known
(Background on this error at: http://sqlalche.me/e/e3q8)
(aiida) nh@iMac-Pro ~ % �
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