-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Задание 6 11 октября
OlgaBond edited this page Oct 7, 2014
·
1 revision
- Задачи минимум:
1. Составить сводную таблицу по работе всех тулов с проверкой, насколько точны те координаты, которые они дают (включая интроны)
2. Поиск гомологов в геноме, используя как референс ___N. tetrosperma___
3. Гомологи, в которых мы точно уверены, отобрать в отдельный файл.
4. Написать программу, которая в последовательности гена Start(ATG), stop(TGA, TAG, TAA) и сайты сплайсинга(GTCC, (T/G)TCCATCA).
5. Проверить качество программы на тех гомологах, которые мы отобрали (п.3)
- Задача максимум:
6. Разобраться в работе программ, котрые нам дали: как их запускать, что давать на вход, что выдают на выходе (Augustus, The Korf Lab SNAP)
7. Запустить программу на наш геном и найти все открытые рамки считывания.