Meta repo para dados e análises

Repo centralizado para organizar os repos de análise e de dados numa estrutura padronizada.

Para configurar a primeira vez

git clone [email protected]:covid19br/central_covid.git
cd central_covid
git submodule update --init
git clone [email protected]:covid19br/covid19br.github.io.git site
git clone [email protected]:covid19br/nowcasting.git 

Isto clona os repositórios site e nowcasting dentro do meta-repo sem que eles sejam submódulos.

Estrutura

O repositório central_covid funciona como um agregador de todos os repositórios relacionados às análises e divulgação do Observatório covid19. O uso de um meta-repo e git submodules permite controlar o acesso a dados sigilosos, mas disponibilizar todos os códigos e dados processados publicamente.

Dados

Os repositórios sigilosos devem ficar dentro da pasta dados, e pode ser ignorados pelos usuários sem acesso aos dados sigilosos.

Para acrescentar um conjunto de dados novo, basta adicionar o repositório novo na pasta de dados:

cd dados
git submodule add URL_do_repo_novo

Depois é necessário dar um commit no meta-repo para incluir esse novo sub-repositório no histórico.

Fazendo mudanças nos sub-repositórios e no meta-repositório

O primeiro pull dos sub-repositórios coloca esses repositórios num estado "detached HEAD", e mudanças feitas nesse estado NÃO SÃO INCLUIDAS NO HISTÓRICO DO GIT. Para fazer mudanças, é necessário entrar em algum branch. Para isso, basta, entrar no repositório a ser modificado e dar um checkout no branch adequado:

cd dados/municipio_SP
git checkout master

Também é possível usar o comando foreach para mudar o branch, ou mesmo criar um um branch em todos os sub-repositórios simultaneamente.

git submodule foreach 'git checkout master'

Após escolher o branch adequado, todo o trabalho dentro das pastas site, nowcasting ou nos repos de dados deve ser incluído nesses repos normalmente, com git add arquivo_modificado e git commit utilizados dentro das pastas dos sub-repositórios. Após mudanças nesses sub-repositórios, é necessário atualizar no meta-repositório central_covid qual é o commit mais recente dos sub-repositórios.

Isso é feito com um git add e git commit a partir do meta-repositório central.

Trazendo mudanças recentes do servidor

É possível atualizar simultaneamente o meta-repositório e todos os sub-repositórios com:

git pull --recurse-submodules

Para saber mais sobre submodules

Para uma introdução nada introdutória a git submodules, veja https://git-scm.com/book/en/v2/Git-Tools-Submodules