This program is prepared for ploting the energy profile.
- Python 3.8
- numpy 1.21.1
- pandas 1.3.1
- matplotlib 3.4.2
我把我使用的环境environment.yml也一起上传到了仓库
目前的程序中对于各个稳态的能垒是存储在excel文件中的，并且按照一个反应路径一个表单（sheet）的格式进行存储，第一列对应的是每个稳态的名字，第二列对应的是每个态对应的能量值。程序示例中的数据格式如图所示：
按照如下格式创建程序的配置文件，类似于gaussian的输入文件。
其中注释行都是以"#"开头，配置文件中的参数分为两个部分，一个是必选参数，这部分参数都放在了NECESSARY ARGS里面，另一部分是可选项，放在了OPTIONAL ARGS中，所谓可选项顾名思义，就是不需要指定程序也可以正常运行，但是最后的出图可能不够美观。
每个参数的详细作用介绍如下：
- FILENAME: 这部分参数主要是指定在input data中创建的xlsx的文件名和目录;
- LEGEND_NAMES: 对应的如果是多个反应路径的自由能变化，我们往往需要在图上标出对应的符号；
- SHEET_NAMES: 每个反应路径数据对应的表单，和input data中的顺序对应；
- COLORS: 指定每个反应路径对应的颜色；
- TEXTLABEL: 是否将能量的数值显示在每个水平线上；
- LIMIT: 是否需要人为指定图的Y值的分布范围，如果这里指定为
True,一定要定义对应的两个参数YMIN和YMAX - YMIN: 指定Y值的最小值；
- YMAX: 指定Y值的最大值；
- FONTSIZE: 图中出现的字体大小，默认为
18 - FIGSIZE: 画布的大小，指定和python中有一定出入
14,6不需要指定括号"()" - XLABEL: 图中X轴的标题；
- YLABEL: 图中Y轴的标题；
- OUTPUT: 最后出图的文件名和地址，默认值是在当前目录下的
example.png
# filename: input.txt
# An example of the input file
# Comment is started with symbol '#'
# Created by Qiang @ Zhengjiang
*NECESSARY ARGS*
FILENAME: /Users/zhuqiang/Documents/My_Jobs@Nanjing/WorkHotel/NO3RR/Energy_Profile/example/example.xlsx # here is the input data and should be the absolute path
LEGEND_NAMES: 001, 110, 111 # name of legend
SHEET_NAMES: 001,110,111 # sheet of input data
COLORS: black, blue, grey # color of each pathway
*OPTIONAL ARGS*
TEXTLABEL: False # Show the value of energies
LIMIT: True # optioinal: specify the YMIN and YMAX manually
YMIN: -2 # optional: you can specify and will overwrite the one self-generated
YMAX: 5 # same as YMIN
FONTSIZE: 18 # fontsize of the number and legends
FIGSIZE: 14,6 # size of the canvas
XLABEL: Reaction Pathway # xlabel for the figure
YLABEL: Free Eenergy $\Delta G$ (eV) # ylabel for the figure
OUTPUT: ./example.png # output name for the figure
准备上述的两个文件xlsx格式原始数据和可读的文本格式的输入文件，将代码下载到本地。
编写一个python脚本或者直接在terminal中输入如下命令：
第一步是导入我们编写的程序DeltaG_plot.main中的相关程序，第二部是绘制图片plot或者直接将图片保存saveplot
%python
Python 3.8.10 | packaged by conda-forge | (default, May 11 2021, 06:27:18)
[Clang 11.1.0 ] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from DeltaG_plot.main import plot
>>> plot('example/input.txt')
-or-
%python
Python 3.8.10 | packaged by conda-forge | (default, May 11 2021, 06:27:18)
[Clang 11.1.0 ] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from DeltaG_plot.main import saveplot
>>> saveplot('example/input.txt')
- Cheng, Xiao-Mei, et al. "Crystallographic facet heterojunction of MIL-125-NH2 (Ti) for carbon dioxide photoreduction." Applied Catalysis B: Environmental (2021): 120524.