GROMACS 批处理

环境

• 系统：Linux
• Sobtop：1.0

使用方法

下载Sobtop

从这里获取Sobtop，然后将本脚本置于Sobtop目录。在Sobtop目录下运行：

chmod +x *

准备文件

1. 准备一个工作目录，首先放入含有蛋白相关文件的文件夹，并将其命名为protein，下面是一个示例：

   work_path/
   └── protein/
       ├── posre_Protein_chain_A.itp
       ├── posre_Protein_chain_B.itp
       ├── posre_Protein_chain_C.itp
       ├── posre_Protein_chain_D.itp
       ├── posre_Protein_chain_E.itp
       ├── topol_Protein_chain_A.itp
       ├── topol_Protein_chain_B.itp
       ├── topol_Protein_chain_C.itp
       ├── topol_Protein_chain_D.itp
       ├── topol_Protein_chain_E.itp
       ├── protein.gro
       └── topol.top
   

2. 将gmx_batch.sh第57行的#include "topol_Protein_chain_A.itp"替换成topol.top文件中 ; Include chain topologies下面一行的内容。

3. 接着，在工作目录下放入只含有待计算小分子的文件夹，命名不限（下面假设为mol2），分子格式为.mol2。

   work_path/
   ├── protein/
   │   ...
   │   └── topol.top
   └── mol2/
       ├── Molecule1.mol2
       ...
       └── Molecule100.mol2
   

   注意：分子的文件名应与.mol2文件一致

4. 在工作目录下放入em.mdp，eq.mdp以及md.mdp:

   work_path/
   ├── protein/
   │   ...
   │   └── topol.top
   ├── mol2/
   │   ...
   │   └── Molecule100.mol2
   ├── em.mdp
   ├── eq.mdp
   └── md.mdp
   

运行

./gmx_batch.sh /path/to/workpath $mol_dir_name $gpu_id

其中，/path/to/workpath为工作目录相对Sobtop目录的路径，$mol_dir_name为小分子文件夹名，$gpu_id为显卡ID。

什么，你说你没有GPU？那请自行修改脚本中gpu的相关参数

TODO

• 蛋白文件批量生成，实现仅需.pdb与.mol2，一行命令即可运行完整分子动力学。

• 开箱即用的可交互GROMACS软件。

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