Obs: Se vc estiver usando as workstations Windows do nupelia, deve primeiro abrir o rstudio, digitar no console o comando: options(repos = c(CRAN = "https://mran.revolutionanalytics.com/snapshot/2020-04-24")); e, atualizar todos os pacotes. Se o RStudio pedir a qualquer momento para reiniciar, não reinicie.
- Baixar o maxent.jar e colocá-lo na mesma pasta deste documento
- Baixar de (http://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/./maxent.php?op=download)
- Depois da primeira vez que esse script for executado em sua totalidade, esse arquivo pode ser apagado, se você desejar
- Baixar e instalar o R
- Se estiver usando Windows, nas workstations do nupélia ou computador pessoal, baixar e instalar o RTools 3.5, caso contrário, ignore esse passo
- Baixar de (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/Rtools35.exe)
- Ao instalar, marcar a opção para colocar o RTools no path
- Baixar e instalar o RStudio
- Baixar de (https://download1.rstudio.org/desktop/windows/)
- Instalar e carregar o pacote devtools (execute os comandos usando o console do RStudio)
install.packages("devtools")library(devtools)
- Se estiver usando Windows, nas workstations do nupélia ou computador pessoal, baixar e instalar o Java JDK a partir daqui https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java11-windows
- Instalar o pacote sdm e os pacotes dos quais ele depende (execute os comandos usando o console do RStudio)
install.packages("sdm")library(sdm)installAll()
- Instalar todos os outros pacotes necessários (execute os comandos usando o console do RStudio)
install.packages(c("raster", "terra", "rgdal", "rasterDT", "sf", "rgeos", "gdalUtils", "stars", "maptools", "magrittr", "ggplot2", "patchwork", "cowplot", "plotly", "mapview", "ggfortify", "scales", "factoextra", "paran", "Rtsne", "ggcorrplot", "DT", "parallel", "snow", "sdm", "FactoMineR", "rdist", "usdm", "ade4", "tidyverse", "purrrlyr", "here", "fs", "stringr", "vroom", "janitor", "snakecase", "lubridate", "stars", "sf", "ncdf4", "tidync")